基于CRISPR/Cas9的基因编辑工具主要通过利用内源性DNA修复途径，如同源定向修复（HDR）、非同源末端连接（NHEJ）和一种称为微同源介导末端连接（MMEJ）1的替代性NHEJ修复途径，实现大的外源DNA片段的靶向整合。
引物编辑是一种新的基因编辑工具，用于处理小的缺失、突变和插入16。逆转录酶（RT）与spCas9内切酶（H840A）偶联，形成PE–Cas9，该内切酶切割基因组靶位点，并在切割链的3′端延伸微同源瓣（MHF）和预期编辑。然后，通过独立于DSB的皮瓣交换和错配修复，将短编辑整合到目标部位。2023年7月4日发表于Cell Discovery上的论文High-efficiency targeted transgene integration via primed micro-homologues基于引物编辑的搜索和替换工作方式，以及用单链同源臂修饰的转基因可能促进靶向KI的假设，作者推导了引物编辑（PE）在供体载体处理中的应用，并设计了一种基于PE的KI策略：引物微同源物辅助整合（PAINT）。
PAINT方法，最初以PAINT 1.0为例，通过转基因盒每侧的逆转录单链微同源外伸（MHO）介导高效靶向KI。引物编辑引导RNA（pegRNA）的优化进一步增强了其KI的功效。操纵控制细胞周期和DNA修复的机制表明，启动的微同源物介导的末端连接（PMEJ）途径以“复制和粘贴”的方式指示PAINT介导的靶向KI。这一发现启发我们用MHF取代MHO，以避免基于NHEJ的线性化双链DNA（ldsDNA）的不精确整合。PAINT的最终版本PAINT 3.0进一步结合了单MHF和双链HA，以处理无疤痕的帧内转基因整合，并实现了高保真KI，同时最大限度地减少了目标上和目标外的整合误差。
可编程核酸酶，特别是快速发展的CRISPR/Cas9系统，极大地加速了基因组工程技术在许多领域的应用，包括基础生物学研究、农业生产和生物医学开发。已经设计了多功能编辑工具来产生特定位点的基因组修饰，如DNA片段缺失、插入、替换或基因敲除。然而，仍有开发基因编辑工具的空间，以进行更有效和精确的靶向KI。作者新设计的KI策略，PAINT，它在介导多种哺乳动物细胞中大转基因的靶向整合方面表现突出。PAINT 3.0方法的最终版本主要在两个方面优于现有的KI策略。首先，在各种基因组位点测试的所有KI策略中，尤其是在人类细胞中，PAINT 3.0表现出最强大的编辑功效。第二，PAINT 3.0调解了高度精确的KI，最大限度地减少了目标上和目标外的集成误差。PAINT方法强大的KI功效和高保真度将为遗传性疾病的细胞和基因治疗提供线索。
最后，PAINT 3.0被用于治疗相关基因组基因座中的靶向KI。PAINT 3.0介导的靶向原代T细胞中TRAC基因座的非病毒基因组产生了高达50%-60%的功能性嵌合抗原受体（CAR）-T细胞，当与肿瘤细胞共培养时，这些细胞表现出特异性杀伤活性。因此作者确定，PAINT策略是一种极有前途的基因编辑工具，为克服阻碍基因组工程技术发展的障碍提供了新的机会。
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